財政部南區國稅局表示，依所得稅法規定，執行業務者應設置帳簿，詳細記載其業務收支項目，故執行業務者如於查核時能提供證明所得額之帳簿、文據調查者，其執行業務所得，應依帳載核實認定，事後不得要求改依財政部頒訂標準重新核定該筆所得，請民眾特別留意。
該局舉例，甲君101年度綜合所得稅結算申報，列報其配偶乙君執業診所之執行業務所得900,000元，嗣經該局查獲乙君漏報診所之部分負擔收入610,000元，併同其他調整，核定該筆執行業務所得為1,650,000元，除補徵稅額外，並處以罰鍰。甲君不服，復查主張於辦理申報時，其配偶診所所得之核定方式應勾選「依財政部頒定費用標準核定」最為有利，惟因一時不察致誤勾選為「依查帳核定」，今既知其申報錯誤，自有權主張改依對其最有利之方法納稅。案經復查、訴願均遭駁回。
該局說明，執行業務者向稽徵機關申報當年度執行業務所得收支報告表時，雖可自行選擇依「查帳」、「書面審核純益率」或「財政部頒定費用標準」等方式核定其所得額，但依所得稅法規定，如該執行業務者已依規定設置帳簿及保存相關憑證，而經稽徵機關調帳查核時亦已提示相關帳證供核，且無不能勾稽查核情形，則稽徵機關自應按帳證查核認定其全年所得額，非如納稅義務人所稱，可以事後要求稽徵機關改依以最有利方式核定。該局提醒，民眾如有稅務疑義，可直接向就近之國稅局洽詢，或於上班時間撥打免費服務電話0800－000321，將有專人為您詳細解說。

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