財政部中區國稅局表示，配合財政健全方案的施行，自104年起我國兩稅合一制由完全設算扣抵制，修正為部分設算扣抵制，因此修正後所得稅法第71條第2項及第75條規定，獨資、合夥組織之營利事業於今（105）年起辦理營利事業所得稅結（決、清）算申報時，須以其全年應納稅額之半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依所得稅法第14條第1項第1類規定列為營利所得，課徵綜合所得稅 。
該局舉例說明：甲獨資商號於今（105）年5月辦理104年營利事業所得稅結算申報時，倘營利事業所得額為1,000萬元，應納稅額170萬元，應納稅額半數為85萬元，減除尚未抵繳扣繳稅額2萬元，應納結算稅額為83萬元，應於申報前自行繳納。其營利事業所得額減除應納稅額半數後之餘額915萬元（1,000萬元-85萬元）則列為甲資本主的營利所得，併入綜合所得稅辦理申報。
該局再次強調，獨資、合夥組織之營利事業，在105年1月1日以後結束營業辦理決、清算申報及今（105）年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報，皆必須就其全年應納稅額的半數，減除尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納；其營利事業所得額減除全年應納稅額半數後之餘額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人按合夥比例列為營利所得，併入徵綜合所得稅辦理申報。　
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